Microbiology and Parasitology

Introduction

The mission of the Microbiology Department is to provide the most efficient diagnosis resources for the study, treatment and prevention of infectious diseases. Microbiology is a multi-disciplinary medical speciality that combines knowledge of the etiology and pathogenesis of infections with knowledge of the technical advances for the faster, more precise identification of microorganisms causing infections, and the most effective antimicrobial treatments.

The Microbiology Department at the University Hospital of Bellvitge forms part of the Regional Clinical Laboratory of the Catalan Health Institute (ICS) Southern Metropolitan Healthcare Region. Along these lines, it receives samples and consultations on patients visiting the Bellvitge, Duran i Reinals, and Viladecans Hospitals, and from patients seen in the primary care centres of our healthcare area.

The Department is certified and operates in line with the requirements of Standard ISO-9001:2015 (Quality policy), and meetings the requirements of the Administrative Authorisation of the Generalitat de Catalunya, according to Decree 76/1995 of 7 March (Official Catalan Journal no. 2031, 29.3.1995), which sets forth the administration authorisation procedure for clinical laboratories and the regulations for their activities.

Its human and material resources are from the ICS, from the University of Barcelona, and from research projects funded by different competitive research organisations.

Relevant aspects

  • Automatització preanalítica: sembra de mostres automatitzada.
  • Detecció ràpida de antígens.
  • Cultius de mostres extretes de localitzacions anatòmiques estèrils i no estèrils.
  • Cultius quantitatius i qualitatius.
  • Diagnòstic de la infecció fúngica invasiva (detecció de galactomanà i cultiu de fongs).
  • Diagnòstic de les infeccions de transmissió sexual (ITS).
  • Observació microscòpica.
  • Optimització dels sistemes d’informació del laboratori.
  • Crioconservació de bacteris d’interès.
Unitat de Preanalítica i Bacteriologia General HUB

  • Tècniques d’estudi de la sensibilitat antibiòtica per disc-difusió, per difusió quantitativa i per microdilució.
  • Caracterització fenotípica dels mecanismes de resistència antibiòtica.
  • Caracterització genètica dels mecanismes de resistència antibiòtica.
  • Informació periòdica sobre l’evolució de la sensibilitat antibiòtica, per microorganismes i per unitats d’hospitalització.
  • Estudis de activitat de nous antimicrobians.
  • Participació activa als programes assistencials de optimització de l’ús d’antimicrobians (PROA).
  • Crioconservació de bacteris d’interès.
Unitat d'Antibiòtics HUB

  • Tecnologia de quimioluminescència automatitzada.
  • Sistema de alarma de patògens d’interès epidemiològic o seroconversions.
  • Detecció d’antígen d’ Helicobacter pylori.
  • Seroteca.
  • COVID-19: Estudi d’anticossos anti-SARS-CoV-2.
Unitat de Serologia HUB

  • Espectrometria de masses (MALDI-TOF) aplicada a la identificació de microorganismes.
  • Identificació ràpida (de l’ampolla) dels hemocultius positius.
  • Codi Sepsis.
  • Detecció de portadors de bacteris multirresistents.
  • Vigilància epidemiològica dels bacteris multirresistents.
  • Estudis de genotipificació de bacteris: PFGE, MLST i WGS (pulsed-field gel electrophoresis, multilocus-sequence typing i whole genome sequencing).
  • Crioconservació de bacteris d’interès.
Unitat de Bacteriologia Especial HUB

  • Laboratori de nivell de bioseguretat 3 (NBS3) per al processament de mostres que poden contenir agents que poden causar malaltia greu per inhalació o contacte.
  • Diagnòstic ràpid de tuberculosis i detecció de la resistència antibiòtica per PCR en temps real.
  • Diagnòstic de la infecció tuberculosa per detecció de la producció d’ interferó gamma (IGRA).
  • Estudi de la sensibilitat antibiòtica als tuberculostàtics de primera i segona línia.
  • Crioconservació de bacteris d’interès.
Unitat de Tuberculosis i altres Micobacteris HUB

  • Detecció de patògens per PCR en temps real: patògens relacionats amb les ITS; patògens respiratoris; grip; càrregues virals d’HIV, Hepatitis C i B, CMV, EBV; agents virals i bacterians responsables de meningitis i encefalitis; patògens entèrics i C. difficile; entre d’altres agents de malalties infeccioses.
  • Estudis de resistència d’ HIV als antirretrovirals.
  • Genotipificació del virus de l’Hepatitis C.
  • Identificació de bacteris, llevats i fongs mitjançant seqüenciació de les regions 16S i ITS.
  • COVID-19: RT-PCR de SARS-CoV-2 ; Detecció d’antígen; Seqüenciació de variants genètiques del virus.
Unitat de Virologia i Diagnòstic Molecular HUB

Research

Línies de recerca

  • Aplicació de la seqüenciació del genoma complert (WGS) a l'estudi de l'epidemiologia bacteriana i dels mecanismes de resistència antibiòtica.
  • Microbioma, metabolonma i proteoma aplicats a les infeccions cròniques respiratòries i altres síndromes infecciosos.
  • Aplicacions de noves tècniques diagnòstiques.
  • Streptococcus pneumoniae: dinàmica poblacional, epidemiologia, interaccions hoste-patogen, resistència antibiòtica, impacte de les vacunes.
  • Staphylococcus aureus: epidemiologia, mecanisme de resistència, dinàmica de poblacions, persistència i biofilm.
  • Streptococcus spp: Visió global de la resistència a macròlids. Caracterització d'elements genètics mòbils, disseminació entre espècies humanes i animals
  • Klebsiella pneumoniae: Epidemiologia, hipervirulencia i mecanismes de resistència.
  • Haemophilus spp: Persistència, resistència i dinàmica poblacional.
  • Mycobacterium tuberculosis: diagnòstic, prevenció i epidemiologia
  • Micobacteris no tuberculosis: identificació i diagnòstic

Xarxes de recerca

  • Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias(CIBERes; CB06/06/0037).
  • Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI). Instituto Carlos III (RD12/0015/0008).
  • Unitat d’Investigació en Tuberculosis de Barcelona. Fundació uiTB
  • Grup Consolidat de Recerca de la Generalitat de Catalunya: Grup de Recerca en Patologia Infecciosa i Sensibilitat Antibiòtica. Agència de Gestió d’Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR). 

Publicacions destacades

  • Alcaide F, Trastoy R, Moure R, González-Bardanca M, Ambroa A, López M, Bleriot I, Blasco L, Fernandez-García L, Tato M, Bou G, Tomás M; Mycobacterial and GEMARA SEIMC/REIPI Bacterial Clinical Adaptation Study Group. Multiplex Real-Time PCR-shortTUB Assay for Detection of the Mycobacterium tuberculosis Complex in Smear-Negative Clinical Samples with Low Mycobacterial Loads. J Clin Microbiol. 2019 Jul 26;57(8).
  • Berbel D, Càmara J, García E, Tubau F, Guérin F, Giard JC, Domínguez MÁ, Cattoir V, Ardanuy C. A novel genomic island harbouring lsa(E) and lnu(B) genes and a defective prophage in a Streptococcus pyogenes isolate resistant to lincosamide, streptogramin A and pleuromutilin antibiotics. Int J Antimicrob Agents. 2019 Nov;54(5):647-651.

  • Cubero M, Marti S, Domínguez MÁ, González-Díaz A, Berbel D, Ardanuy C. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae serotype K1 clinical isolates form robust biofilms at the air-liquid interface. PLoS One. 2019 Sep 18;14(9):e0222628.
  • González A, Càmara J, Ercibengoa M, Cercenado E, Larrosa N, Quesada MD, Fontanals D, Cubero M, Marimón JM, Yuste J, Ardanuy C. Emerging non-PCV13 serotypes causing adult invasive pneumococcal disease in the late-PCV13 period in Spain. Clin Microbiol Infect. 2019 Nov 19. pii: S1198-743X(19)30589-0.
  • González-Díaz A, Tubau F, Pinto M, Sierra Y, Cubero M, Càmara J, Ayats J, Bajanca-Lavado P, Ardanuy C, Marti S. Identification of polysaccharide capsules among extensively drug-resistant genitourinary Haemophilus parainfluenzae Isolates. Sci Rep. 2019 Mar 14;9(1):4481. doi: 10.1038/s41598-019-40812-2.

Education

Docència de Grau

La docència de pregrau sobre Microbiologia mèdica impartida per membres del Servei de Microbiologia forma part de la Universitat de Barcelona i el Campus de Ciències de la Salut de Bellvitge.

Els professors estan adscrits al Departament de Patologia i Terapèutica experimental.

Facultat de Medicina i Ciències de la salut:

- Grau de Medicina

- Grau de Podologia

- Grau de Odontologia

Professors:

Fernando Alcaide, Professor Agregat

Carmen Ardanuy, Professora Associada mèdica

M. Angeles Dominguez, Professora Associada mèdica

Sara Marti, Professora Associada

 

Formació sanitària especialitzada:

Tutor de residents:

Calatayud Samper, Laura

Màsters i cursos acreditats

  • Docència en Màsters Universitaris:

Universitat de Barcelona (IL3 Instituto de Formación Continua):

            - Màster en gestión de los programas de prevención, vigilancia y control de las infecciones relacionadas con el Sistema Sanitario.

            C. Ardanuy, MA. Dominguez / D. Berbel, J. Camara

Universitat de Barcelona/Universitat Autònoma

            - Master en Recerca Clínica. Especialitat Microbiología Clínica.

            F. Alcaide, MA. Domínguez / C. Ardanuy, S. Marti, J. Camara

  • Direcció de Treballs fi de màster i Pràctiques:

Universidad Autónoma de Barcelona: Máster en Microbiología. Facultad de Biología.

Universidad de Barcelona: Máster en Microbiología Avanzada. Facultad de Biología. 

Location

 Main Building at Bellvitge University Hospital 

Feixa Llarga no number, st.

08907 L’Hospitalet de Llobregat. Barcelona

Floor 0